Hola,
Los homúnculos ya no ganan experiencia al matar por si mismos, ahora ganan el 10% de la experiencia que ganas tu al matar.
Si entras a las estadísticas del homúnculo, vas a ver un aviso en rojo con esa indicación.
En resumidas, debes matar tu, si quieres que tu homúnculo suba de nivel.