¡Hallo! Te confirmo que Atlantis Main Server funciona en Steam Deck, eso sí, hay que asegurarse de ingresar el mdata.grf aquí provisto por el colega para loguear al Main.
Luego elegir el Layer de Proton adecuado entre el Experimental y el 9, ambos resultan.
La instalación y el reemplazo de mdata.grf las realicé desde el modo Desktop sin necesidad de comandos.
La única contra que aún no pude resolver es que muchos PJs con la paleta de colores de ropa o peinado se ven totalmente en negro (no así sus headgears y costumes) pero es totalmente jugable.
El problema que citas me pasaba y se resolvió al colocar el mdata provisto.
Antes de ello solo podía ingresar al Server de Pruebas únicamente.